De meest voorkomende bijwerking na de ruggenprik is hoofdpijn. De oorzaak hiervan is dat er hersenvocht kan nalekken na het verwijderen van de naald. Deze bijwerking komt voor bij ongeveer 1 op de 10 mensen (10%). Dit betekent ook dat 9 op de 10 (90%) mensen geen hoofdpijn krijgen. Bij hoofdpijn raden we aan om plat te liggen en veel water te drinken. Eventueel kan er pijnstilling gebruikt worden.
Er is een kleine kans dat er een ontsteking op de injectieplaats ontstaat. De ruggenprik wordt uitgevoerd onder steriele omstandigheden, waardoor deze kans erg klein is. Daarnaast kunnen zenuwwortels tijdens het prikken worden aangeraakt met de naald, wat zich uit in een gevoel van elektriciteit in een van de benen. Dit gevoel van elektriciteit is van korte duur en niet gevaarlijk.